A fekély hosszú időn keresztül alakul ki, de előfordul, hogy a kialakulás időszakában már tüneteket produkál. Gyakran idegesség miatt a gyomor vérellátása romlik, ezt a vérhiányos területet pedig könnyen kikezdi a sav, ami ez esetben fokozottabban termelődik. Általában tompa, égő, nyomó jellegű a fájdalom a gyomorszáj területén vagy a fekély pontos helyén. Ez napokig vagy akár hónapokig is eltarthat. A fájdalom üres gyomor esetében jelentkezik, majd étkezés után 20 perccel, fél órával ismét érezhetővé válik. Őszi és tavaszi hónapokban az egyébként lappangó betegség felerősödhet. A gyomorfekély tünete lehet a nyákos széklet, a fáradtság és a rossz közérzet. Az úgynevezett éhségfájdalom inkább a nyombél fekélyre jellemző.
A betegség állandó éhségérzettel járhat, de az emésztés a sérült nyálkahártya réteg miatt lelassul valamint a gyomorsav termelés is fokozottabbá válik. Súlyos esetekben a fekély olyan mélyre terjed, hogy vérzést okoz. Mielőtt átlyukadna a gyomorfal, napokig tartó nagy mennyiségű hányás előzi meg. Az erősebb stresszes idegállapot is felerősítheti a gyomorfekély tüneteit. Kevésbé általános tünetek az émelygés, savas felböfögés, puffadás és nyelési nehézség abban az esetben, ha a gyomorsav a nyelőcsövet is folyamatosan irritálja. Ezt elkerülhetjük, ha megemeljük az ágy fejrészét, illetve ülő helyzetben maradunk közvetlen evés után.
Idős korban a gyomorfekély tünetei nem okoznak fizikális panaszokat,így a beteg nem is tud róla. Nagy a kockázat, hogy észrevétlenül alakuljon ki a vérzés vagy perforáció. A fájdalom kisugározhat derék és háttájra. Nyelőcső érintettség esetén mellkasi fájdalom is felléphet. Csupán a tünetek alapján nem diagnosztizálható a gyomorfekély, ezért kiemelt szerepe van az endoszkópos vizsgálatoknak. A gyomorfekély tünetei időszakos fellángolást mutatnak, melyet savközömbösítő gyógyszerrel és diétával enyhíthetőek.
Gyomorfekélyben szenvedőknél előfordulhat étvágytalanság, de az étkezéseket követő fájdalomtól való félelem miatt sem esznek a betegek. Ilyenkor panaszmentessé válnak. A savas ételek, meleg tészták és szénsavas italok pedig gyomorégést váltanak ki. Gyomorfekély tünetei közt felsorolandó a hányinger és a hányás is a reggeli időszakban, üres gyomor esetében. Körül belül 45 százalékban testsúly csökkenés figyelhető meg.
Érsérüléskor vérhányás történik, de ha a belekbe jut a vér, feketére színezi a székletet. Idősebb korban a gyógyszerek okozta óriásfekély semmilyen panaszt nem vált ki ezért csak a súlyos szövődmények utalnak a gyomorfekély meglétére.
